位于江干区秋涛路407号（杭城主干线秋涛路和东宝路交叉口）的汽车南站建成使用。主要承担杭州南向长、中、短途旅客运输任务，班线主要辐射浙江、广东、福建三省，拥有快客、快旅班线27条。当时，它是浙江省三星级汽车客运站。

2002年9月按照一级站标准进行了改、扩建。扩建后车站占地面积约11600余平方米，配备中央空调、电视监控和消防报警系统、X射线检测仪，实行条形码检票、微机联网售票及网上售票，接受电话预订。

车站日均发送班次近500班，出口达1.1万余人次，国庆最高峰日进出旅客达10万余人次。

7月1日起，杭州汽车南站搬迁到汽车南站临时客运站营业，同时，有部分班线分流到火车东站公路汽车站、客运中心站和汽车北站营业。

2021年11月28日，历经搬迁，位于婺江路455号的杭州汽车南站正式启用。